(19)中华 人民共和国 国家知识产权局 (12)发明 专利申请 (10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请 号 202111599758.8 (22)申请日 2021.12.24 (71)申请人 东南大学 地址 210096 江苏省南京市玄武区新 街口 街道四牌楼 2号 (72)发明人 刘冉　沈伟涛　孙明军　万萍　 彭珍燕　郭辛鑫　 (74)专利代理 机构 北京同辉知识产权代理事务 所(普通合伙) 11357 代理人 赵丹 (51)Int.Cl. C12Q 1/689(2018.01) C12Q 1/6886(2018.01) C12Q 1/6851(2018.01) C12Q 1/6869(2018.01)C12N 15/11(2006.01) G16B 30/00(2019.01) G16B 40/00(2019.01) G16B 50/10(2019.01) G16B 50/30(2019.01) A61K 45/00(2006.01) A61P 35/00(2006.01) (54)发明名称 牙周梭杆菌作为食管鳞状细胞癌生物标志 物及其应用 (57)摘要 本发明公开了牙周梭杆菌作为食管鳞状细 胞癌生物标志物及其应用， 所述微生物菌群为牙 周梭杆菌(Fusobacterium  periodonticum)。 本 发明的口腔微生物标志物具有作为食管鳞状细 胞癌生物标志物的潜能， 所述标志物在食管鳞状 细胞癌癌组织较癌旁组织丰度明显升高， 是食管 鳞状细胞癌高发的重要危险因素。 因此， 通过检 测牙周梭杆菌这一微生物标志物丰度， 可以预测 食管鳞状细胞癌的发病风险， 可用于食 管鳞状细 胞癌的高危人群筛检和早期诊断， 并为食管鳞状 细胞癌的人群预防和临床治 疗提供干预靶点。 权利要求书1页 说明书8页 序列表7页 附图1页 CN 114231648 A 2022.03.25 CN 114231648 A 1.一种食管鳞状细胞癌微生物标志物， 其特征在于 ， 所述微生物标志物为 Fusobacterium  periodonticum。 2.一种食管鳞状细胞癌组织 微生物标志 物的测试 方法， 其特 征在于， 包括以下步骤： 1)设计16S  rDNA通用引物对样本总DNA进行PCR扩增， 得PCR扩增产物。 2)对步骤1)得到的样品进行16S  rDNA全长测序。 3)根据步骤2)得到测序结果， 在种水平进行Wilcoxon检验， 综合分析筛选结果最优、 差 异表达最为显著的菌种作为 候选标志 物。 4)根据步骤3)候选标志， 进一步于第二 阵列人群通过实时荧光定量PCR验证在癌组织 和癌旁组织内丰度。 3.根据权利要求2所述的一种食管鳞状细胞癌组织微生物标志物的测试方法， 其特征 在于， 所述16S  rDNA通用引物包括16S  rDNA‑f和16S rDNA‑r， 所述16S  rDNA‑f的核苷酸序 列为SEQ ID NO:1； 16S rDNA‑r的核苷酸序列为SEQ  ID NO:2。 4.根据权利要求2所述的一种食管鳞状细胞癌组织微生物标志物的测试方法， 其特征 在于， 所述Fusobacterium  periodonticum的特异性引物包括Fp ‑f和Fp‑r； 所述Fp‑f的核苷酸序列为SEQ  ID NO:3； Fp‑r的核苷酸序列为SEQ  ID NO:4。 5.根据权利要求1所述Fusobacterium  periodonticum的应用， 其特征在于， 所述用途 包括构建食管癌早期筛检模型、 制备诊断食管癌的产品、 制备 预防和治疗 食管癌的药物。 6.根据权利要求5所述Fusobacterium  periodonticum的应用， 其特征在于， 所述模型 的输入变量 为权利要求1所述的微 生物标志 物的丰度。 7.根据权利要求5所述Fusobacterium  periodonticum的应用， 其特征在于所述微生物 标志物筛检、 诊断食管癌的产品包括试剂、 试纸、 芯片、 试剂盒。 8.根据权利要求5所述的Fusobacterium  periodonticum的应用， 其特征在于所述的药 物包括抑制权利要求1所述的微 生物标志 物丰度增 加试剂。 9.一种微生物标志物在制备食管鳞状细胞癌试剂盒中的应用， 该标志物为 Fusobacterium  periodonticum。 10.一种食管鳞状细胞癌试剂盒， 所述试剂盒内设有微生物标志物， 其特征在于， 所述 微生物标志 物为Fusobacterium  periodonticum。权　利　要　求　书 1/1 页 2 CN 114231648 A 2牙周梭杆菌作 为食管鳞状细胞癌生物标志物及其应用 技术领域 [0001]本 发 明 属 于 生 物 技 术 或 生 物 医 药 领 域 ， 具 体 涉 及 一 种 牙 周梭 杆 菌   (Fusobacterium  periodonticum)作为食管鳞状细胞癌生物标志 物及其应用。 背景技术 [0002]食管癌作为一种环境相关性肿瘤， 具有高发病率和高死亡率的特点。 据  2020年全 球癌症统计数据显示， 全球食管癌新发病例60.4万人， 死亡病例  54.4万人， 每18例癌症死 亡病例中就有1例死于食管癌。 食管癌病理类型主要包括鳞状细胞癌、 腺癌、 癌肉瘤和未分 化癌， 在南 非、 东非、 东亚等食 管癌高发区， 90％的病理类型为食管鳞状细胞癌。 我国是世界 上食管癌 发病率和死亡率最高的国家， 虽随医学技术的快速发展， 如开胸手术到微创食管 癌手术， 再到免疫抑制治疗等， 但大部 分食管癌患者早期临床表现不具有 特异性， 在确诊时 已处于中晚期， 失去最佳治疗时机， 导致其5年生存率仍低于10％。 因此， 提高食管癌的早期 检出率及阐明其发病机制， 是降低其发病率和死亡率的有效手段， 也是当今医学界亟需攻 克的难题。 [0003]口腔是人体微生物种类最为复杂， 数量最多的部位之一， 包括细 菌、 病毒、 真菌等， 其中以细菌为主。 而食管作为解剖结构上与口腔相邻的下游器官， 其菌群环境易于受到口 腔微生物的影响。 正常情况下， 口腔菌群与宿主之间和平共生， 处于平衡状态， 一旦平衡被 打破， 口腔机会性病原菌可随饮水或饮食进入食管， 进而定植和繁殖， 在一定条件下参与食 管癌的发生。 相关研究显示， 正常食管中的细菌与口腔中的细菌种类基本一致， 而食管鳞状 细胞癌患者唾液的细菌多样性与对照组相比总体呈下降趋势。 这一现象一定程度说明在食 管癌发生过程中， 食 管中细菌多样性受到口腔 菌群影响。 目前， 对食 管鳞癌的诊断包括组织 病理学诊断、 循环DNA分子检测和血清蛋白标志物检测等， 但关于口腔微生物组在 食管鳞状 细胞癌诊断中研究非常有限， 本发明通过研究食管鳞状细胞癌癌组织和 癌旁组织微生物特 征， 发现差异显著 性口腔微生物菌群， 并在第二队列人群通过实时荧光定量P CR验证其丰度 特征， 以确定食管鳞状细胞癌与口腔菌群的相关性。 发明内容 [0004]本发明的目的是提供一种食管鳞状细胞癌微生物标志物及其应用， 解决了食管鳞 状细胞发病情况判断困难的问题。 [0005]本发明的第一个方面提供了一种食管鳞状细胞癌微生物标志物， 所述微生物标志 物是Fusobacterium  periodonticum， 其是一种革兰阴性厌氧菌， 优先定植于牙龈沟和牙周 袋， 但能在口腔和其 他身体部位条件致病性。 [0006]本发明通过对食管鳞状细胞癌患者癌组织和癌旁组织样本中微生物的丰度进行 差异性分析， 确定了Fusobacterium  periodonticum具有作为食管鳞状细胞癌标志物的潜 能， 所述标志物在食管鳞状细胞癌癌组织样本中的丰度明显高于癌旁组织， 差异具有统计 学意义， 其可作为全面诊断或辅助诊断食管鳞状细胞癌的微 生物标志 物。说　明　书 1/8 页 3 CN 114231648 A 3